JAV ligų kontrolės ir prevencijos centrai (CDC) įsteigė konsorciumą, siekdami paleisti nacionalinį sekvenavimo laboratorijų tinklą, kuris paspartins SARS-CoV-2 sekų duomenų išleidimą į viešąją erdvę. Greitas atviros koronaviruso sekos duomenų išleidimas padės Covid-19 reaguoti į visuomenės sveikatą, skatinti naujoves ir atradimus bei gerinti šios ir būsimų pandemijų supratimą.
tai Visuomenės sveikatos avarinio reagavimo, epidemiologijos ir priežiūros SARS-CoV-2 sekos (SPHERES) konsorciumas, kuris žymiai išplės naudojimą viso genomo sekos nustatymas (WGS) COVID-19 viruso. „SPHERES“ pateiks nuoseklius, realaus laiko duomenis apie visuomenės sveikatos reagavimo grupes, tiriančias COVID-19 atvejus ir grupes visoje šalyje.
Šis naujas konsorciumas padės jiems geriau suprasti, kaip virusas plinta tiek šalies mastu, tiek jų vietos bendruomenėse. Geresni duomenys savo ruožtu padės visuomenės sveikatos pareigūnams nutraukti perdavimo grandines, užkirsti kelią naujiems ligos atvejams ir apsaugoti bei išgelbėti gyvybes.
„JAV yra pažangiosios greito genomo sekos nustatymo lyderė pasaulyje. Šios suderintos mūsų valstybinių, privačių, klinikinių ir akademinių visuomenės sveikatos laboratorijų pastangos atliks gyvybiškai svarbų vaidmenį suprantant SARS-CoV-2 perdavimą, evoliuciją ir gydymą. Esu įsitikinęs, kad mūsų geriausi, kvalifikuoti protai dirba kartu, kad padėtų mums išgelbėti gyvybes šiandien ir rytoj “, - sakė CDC direktorius Robertas Redfieldas.
COVID-19 viruso sekimas jam vystantis
Genominės sekos duomenys gali suteikti precedento neturintį supratimą apie COVID-2 sukeliančio viruso SARS-CoV-19 biologiją ir padėti apibrėžti kintantį pandemijos kraštovaizdį. Sekvenuodami virusus iš visų Jungtinių Valstijų, CDC ir kitos visuomenės sveikatos priežiūros institucijos gali stebėti svarbius viruso pokyčius ir naudoti šią informaciją vadovaudamosi kontaktų atsekimu, visuomenės sveikatos švelninimo pastangomis ir infekcijos kontrolės strategijomis.
SPHERES konsorciumas yra ambicinga pastanga koordinuoti SARS-CoV-2 genomo sekos nustatymą nacionaliniu mastu, organizuojant dešimtis mažesnių individualių pastangų į vieną, paskirstytą laboratorijų, įstaigų ir korporacijų tinklą. Konsorciumas apjungia 40 valstybinių ir vietinių visuomenės sveikatos departamentų, kelių didelių klinikinių laboratorijų ir daugiau nei dviejų dešimčių bendradarbiaujančių įstaigų iš visos federalinės vyriausybės, akademinės bendruomenės ir privataus sektoriaus patirtį, technologijas ir išteklius.
„SPHERES“ nustatys geriausią praktiką ir bendru sutarimu pagrįstus duomenų standartus, paspartins atvirą dalijimąsi duomenimis ir sukurs išteklių ir patirties fondą, kuris padės pažangiausias technologijas pritaikyti nacionaliniam COVID-19 atsakui.
„SPHERES“ duomenys atidaryti, bendrinami
Konsorciumo nariai yra įsipareigoję greitai dalytis atvira seka. Jie planuoja visus naudingus sekos duomenis pateikti viešose saugyklose, esančiose Nacionalinės medicinos bibliotekos Nacionaliniame biotechnologijų informacijos centre (NLM / NCBI), Visuotinėje iniciatyvoje dėl dalijimosi paukščių gripo duomenimis (GISAID) ir kitose viešose sekų talpyklose. Tai padės užtikrinti, kad viruso sekos duomenys iš visų Jungtinių Valstijų būtų greitai prieinami visuomenės sveikatos sprendimams priimti ir tyrėjams laisvai prieinami visur.
Konsorciumo nariai yra:
Federalinės agentūros ir laboratorijos
Ligų kontrolės ir prevencijos centrai, Išplėstinių molekulinių aptikimų tarnyba
Argonos nacionalinė laboratorija
Gynybos sveikatos agentūra, Visuotinė infekcinė Liga Priežiūra
Maisto ir vaistų administracija
Lawrence'o Berkeley nacionalinė laboratorija
Los Alamos nacionalinė laboratorija
Nacionalinis alergijos ir infekcinių ligų institutas, Genomikos ir pažangių technologijų biuras
Nacionalinis standartų ir technologijų institutas
Nacionalinės medicinos bibliotekos nacionalinis biotechnologijų informacijos centras
Walterio Reido kariuomenės tyrimų institutas
Valstybinės / vietos visuomenės sveikatos laboratorijos
Arizona
Kalifornija
Delaveras
District of Columbia
Floridos
Havajai
Meino
Merilandas
Masačusetsas
Mičiganas
Minesota
Šiaurės Karolina
Šiaurės Dakota
Nevada
Naujoji Meksika
NY
Juta
Virdžinija
Vašingtonas
Viskonsinas
Vajomingas
Akademinės institucijos
Baylor universitetas
Kornelio universitetas
Fredo Hutchinsono vėžio tyrimų centras
Sinajaus kalno medicinos mokykla
Niujorko universiteto
Šiaurės Arizonos universitetas
Bafalo universitetas
Kalifornijos universitetas, Berkeley
Kalifornijos universitetas Davisas
Kalifornijos universiteto Irvine
K
Kalifornijos universitetas, San Franciskas
Kalifornijos universitetas, Santa Krusas
University of Chicago
Merilendo universitetas
Minesotos universitetas
Nebraskos universitetas
Naujosios Meksikos universitetas
Vašingtono universitetas
Jale universitetas
Korporacijos
Abbott diagnostika
bioMerieux
Spalvinė genomika
„Gingko bioworks“
IDbyDNA
„Q-Tel“
„LabCorp“
Vienas kodeksas
„Oxford Nanopore Technologies“
Ramiojo vandenyno biomokslai
Qiagen
„Quest Diagnostics“
Tikrai gyvybės mokslai
Korporacijų pavadinimai pateikiami tik informaciniais tikslais, o jų įtraukimas čia nereiškia, kad JAV ligų kontrolės ir prevencijos centrai pritaria korporacijoms ar bet kokiems jų komerciniams produktams ar paslaugoms.
Ne pelno siekiančios visuomenės sveikatos ar tyrimų institucijos
Visuomenės sveikatos laboratorijų asociacija
Billo ir Melindos Geitsų fondas
Platus institutas
Chanas Zuckerbergas „BioHub“
Kreigo Venterio institutas
Visuomenės sveikatos aljansas dėl genominės epidemiologijos
Scripps tyrimai
Džeksono laboratorija
Transliacijos genomikos tyrimų institutas - šiaurė
Walderio fondas
Pastaruosius šešerius metus CDC pažangių molekulinių aptikimų biuras investavo į federalines ir valstybines visuomenės sveikatos laboratorijas, siekdamas išplėsti patogenų genomikos ir kitų pažangių laboratorinių technologijų naudojimą infekcinių ligų stebėjimui ir reagavimui į protrūkius. Dabartinės konsorciumo investicijos tikslas - išgelbėti gyvybes SARS-CoV-2 pandemijoje ir paruošti JAV ir pasaulį būsimam atsakui į pandemiją.
Norėdami sužinoti daugiau apie genomo sekos nustatymą arba CDC darbą pažangaus molekulinio aptikimo srityje, apsilankykite https://www.cdc.gov/amd/
